Selon L’article L.3131-1 du Code de Santé Publique, il appartient au ministre chargé de la santé de prendre les mesures d’urgence en cas de menace sanitaire grave. Pourtant ce dernier n’a pourtant pas encore été activé.

Pour la CFTC, l’employeur Public doit accompagner les mesures de prévention, notamment celles d’isolement, d’éviction et de maintien à domicile et placer en conséquence l’agent public dans une position régulière.

• Lorsque le télétravail est possible, l’employeur public doit mettre en place les mesures en facilitant l’accès,
• Dans le cas contraire, le placement de l’agent public en autorisation spéciale d’absence semble la situation la plus adaptée au regard de la protection des droits des agents publics.

Afin de mettre en position régulière d’absence un agent de la fonction publique hospitalière, l’employeur plublic peut :

• placer l’agent public en autorisation spéciale d’absence sur le modèle de l’autorisation spéciale d’absence pour les agents publics cohabitant avec une personne « atteinte de maladie contagieuse, et qui porteurs de germes contagieux, doivent être éloignés de leurs services » prévue par l’instruction du 23 mars 19503. L’instruction prévoit, de manière limitative, les cas de maladie ouvrant droit à ce type d’autorisation spéciale d’absence. Il s’agit des maladies suivantes : variole, diphtérie et Méningite cérébro-spinale. Des situations de type coronavirus COVID-19 ne sont donc pas prévues. Toutefois, cette instruction prévoit également que : « S’il s’agissait d’une maladie exceptionnelle en France (choléra, typhus, peste, etc.), les intéressés seraient soumis aux mesures spéciales qui pourraient être prescrites en pareil cas ».
  Il est donc envisageable de prévoir une autorisation spéciale d’absence pour les agents publics concernés par les mesures définies par le ministre de la santé et les autorités sanitaires, qu’il s’agisse d’un agent lui-même en quarantaine ou cohabitant avec une personne en quarantaine. L’octroi d’une autorisation spéciale d’absence apparaît comme plus protecteur des droits de l’agent et de nature à assurer son adhésion à la mesure d’isolement, d’éviction et de maintien à domicile dès lors qu’il bénéficierait de l’intégralité de sa rémunération ainsi que du maintien de ses droits à avancement et de ses droits à pension. En revanche, les autorisations spéciales d’absence constituant une dérogation à l’obligation de service et de temps de travail, elles ne génèrent pas de jours de réduction du temps de travail, autrement dit ces jours doivent être proratisés.
• placer l’agent public en congé de maladie sur la base d’un arrêt de travail établi par le médecin assurant le contrôle médical de la mesure d’isolement, d’éviction et de maintien à domicile.
  Pour les agents contractuels, cette mesure est applicable dans les conditions de droit commun prévue par le décret du 31 janvier 2020. Ce décret n’est pas applicable aux fonctionnaires. Dans ce cadre, pour les fonctionnaires, la mise en place d’une autorisation spéciale d’absence est recommandée.